Yeni doğanlarda idrar yolu enfeksiyonları genellikle alttan yani assen dediğimiz bezden gelen mikroorganizmalarla olmaktadır kakasını yaptıktan sonra. Kan yoluyla idrar yolu enfeksiyonu çok çok nadirdir. O nedenle bebeklerin altı sık sık temizlenmelidir. Özellikle kız çocuklarında bebeklerin idrar mesafesi idrar yolları mesafesi yani dışarıyla açıklık erkek çocuklara göre daha kısa olduğu için idrar yolu enfeksiyonları kız çocuklarında erkek çocuklarına göre biraz daha sık görülmektedir.
İdrar yolu enfeksiyonlarına neden olan mikroorganizmalar daha çok gram negatif dediğimiz tarzda kakayla bulaşan mikroorganizmalardır ve çok acil olarak eğer idrar yolu enfeksiyonu tespit edilmiş ise tedavi edilmeleri gerekmektedir.