Sertralin genel olarak iyi tolere edilen bir ilaçtır. En sık görülen yan etkiler, bulantı, dispepsi ve diyare gibi sindirim sistemiyle ilgilidir.
Bazı hastalarda, ağız kuruluğu, aşırı terleme, göz kararması, tremor, uyku bozukluğu ve erkeklerde ejakülasyon gecikmesi görüldüğü bildirilmiştir.