Önemli yan etkiler, merkezi sinir sistemi ile ilişkili olup, muhtemelen vigabatrinin etkisiyle serebral GABA da meydana gelen artıştan kaynaklanmaktadır.
En sık rastlanan yan etkiler, uyku hali ve yorgunluktur. Uygulama sırasında bildirilen diğer etkiler, özellikle baş dönmesi, ajitasyon, aşırı hassasiyet, depresyon, baş ağrısı ve daha az sıklıkla bilinç bulanıklığı, hafıza kaybı ve diplopidir.
Merkezi sinir sistemi ile ilişkili olmayan diğer yan etkiler yaygın değildir, en yaygın olanı vücut ağırlığında artış ve minör gastrointestinal problemlerdir.
Uygulama sırasında; SGOT ve SGPT de görülen düşüşlerin, bu transaminazların inhibisyonu sonucu meydana geldiği kabul edilmektedir. Çocuklarda, en sık rastlanan yan etkiler, ajitasyon, saldırganlık ve nadiren uykusuzluktur. Bu reaksiyonlar tedavinin başlangıcında görülür ve dozun azaltılmasıyla tedricen ortadan kalkar.
