Fluoksetin ile yapılan plasebo-kontrollü klinik çalışmalarda hastalarda görüldüğü kaydedilen yan etkiler şunlardır;
Sinir Sistemi: baş ağrısı, sinirlilik, uykusuzluk, sersemlik, anksiyete, titreme, baş dönmesi, yorgunluk libido azalması.
Sindirim sistemi: bulantı diyare ağız kuruluğu, anoreksi, disepsi, kabızlık karın ağrısı, kusma, tat değişikliği.
Deri: terleme, döküntü, kaşıntı. Genel: asteni, viral enfeksiyon, bacak ağrısı, görme bozukluğu, ateş.
Solunum sistemi: üst solunum yolu enfeksiyonu, farenjit, nazal konjesyon, flu-like sendrom.
Ürojenital sistem: seksüel disfonksiyon, sık idrara çıkma.
Kardiyovasküler: ateş basması.