Protokol numarası, tüm sağlık kuruluşlarında uygulanan, hastanın sisteme kaydı yapılırken verilen bir numaradır. Bütün özel ve devlet hastanelerinde, sağlık ocaklarında, kliniklerde muayene olanlar, protokol numarası ile sisteme kayıt edilir. Her kurumun farklı bir protokol numarası sistemi vardır. Protokol numarası hastaya verilen reçeteye, tahlil, tetkik istemlerine ve sonuçlarına yazılır.
Hastanelerde kullanılan özel bir yazılımla hastaya bu numarayı da içeren sticker çıkarılır. Reçetesine ve tüm tetkik istek kağıtlarına bu stickerler yapıştırılır. Hasta Kayıt modülü hastanın hastaneye gelişi sırasında kayıt yapılmasını, bu kayıtların saklanmasını ve hastaların yada hasta yakınlarının hastaneye geldiklerinde danışma amacı ile her türlü işlemin takip kolaylığını sağlar.Böylece her hastanın genel kimlik bilgileri, geçmişi, iletişim bilgileri ile varsa sevk eden kuruluş bir hasta numarasına bağlı olarak tutulmaktadır. Hastanın rahatsızlığı ile ilgili bölüme ve gerekli tüm birimlere yönlendirilmesi otomatik olarak yapılabilmektedir. Hastaya yapılan işlemler ayrıntılı dökümü bu sistemde görünmektedir. Protokol numarasıyla sağlık kuruluşunda yapılan tetkiklerin, tahlillerin sonuçları öğrenilir. Ayrıca TC kimlik numarasıyla internetten de sorgulanır.
