Boşbarsağın yukarı bölümlerinde gerçekleşir. Bu emilim ancak, proteinler en son ürünleri olan aminoasitlere parçalanmışlarsa yapılabilir. Emilim mekanizması, enerji gerektiren etkin emilimdir. Aminoasitler arasında, barsaktan emilimleri bakımından farklılıklar vardır.
Emilen aminoasitler kana geçer, oradan kapı toplardamarı aracılığıyla karaciğere götürürürler.