Panto 40 mg Enterik Kaplı Tablet genellikle iyi tolere edilebilen bir ilaçtır. Yan etkilerin insidansı doza bağlı değildir. Pantoprazol tedavisi sırasında nadiren deride kızarıklık, kaşıntı ve döküntü şeklinde allerjik reaksiyonlar, baş ağrısı, baş dönmesi, diyare, abdominal ağrı, şişkinlik, bulantı, kusma, hiperglisemi, uykusuzluk görülebilir.
Daha seyrek olarak rastlanan yan etkiler ise: dispepsi, anksiyete, artralji, asteni, sırt, göğüs ya da boyun ağrısı, bronşit, üst solunum yolu enfeksiyonu, üriner sistem enfeksiyonu, konstipasyon, hipertonidir. Ayrıca çok seyrek olarak da karaciğer enzim değerlerinde artış, hiperkolesterolemi ve hiperürisemi bildirilmiştir.