Panto 40 mg Enterik Kaplı Tablet karaciğerdeki sitokrom P450 enzim sistemi ile metabolize edilmesine rağmen, yine bu sistemle metabolize olan sisaprid, teofilin, diazepam, warfarin, fenitoin, metoprolol, nifedipin, karbamazepin veya oral kontraseptiflerle birlikte kullanıldığında, bu ilaçlar için doz ayarlaması yapılması gerekmemektedir.
Pantoprazol antasitlerle birlikte verildiğinde herhangi bir etkileşim gözlenmemiştir. Pantoprazol gastrik asit salgılanmasını uzun süre inhibe ettiğinden dolayı, ketokanazol, ampisilin esterleri ve demir tuzları gibi biyoyararlanımı gastrik pH’a bağlı ilaçların absorbsiyonunu azaltabilir.