Kaplıca tedavisinde kullanılan doğal, termal ve mineralli sular, tıbbi değerlendirme kurulunun görüşü ile tedavideki etkinliği sağlayan kimyasal bileşimleri değiştirilmemek koşulu ile kontrollü olarak, ısıtma, soğutma, havalandırma ve çökertme gibi fıziksel işlemlere tabi tutulabilir.
Kimyasal bileşimleri değiştirmemek koşulu ile sadece Bakanlıktan izinli ürünlerle dezenfeksiyon yapılabilir.
Mineralli suların çıkarılması ve tedavi birimlerine isalesinde, suyun tedavi etkinliğini sağlayan kimyasal bileşimini bozmayan yöntemler kullanılır.