Modern tarım yüzünden zaten çeşitliler çok azlmış durumdadır.Asya’da mevcut 140 bin çeşitten sadece 6 sı ekili toprakların %70 ini kaplıyor. Azalan çeşitler ise tamamen GDO tehdidi altındadır. Çünkü GDO ların aktarılmış genleri çevresinde geleneksel yöntemle üretilmiş ürünlere geçebilmektedir. Arılar, kuşlar, böceklerve rüzgar gibi tozlaşmayı sağlayan etkenler GDO lu polenleri komşu tarlaya taşıyor ve oradaki üründe de genetik değişikliğe yol açıyor. “GEN KAÇIŞI” adı verilen bu bulaşma sonucu yaşamın sürdürülebilirliği açısından büyük önem taşıyan bitkiler tek tipleşmekte ve doğal çeşitlilik azalmaktadır. Milyonlarca yılda oluşan türler 5-10 senede yok olmaktadır.
Birkez gen aktarımı başlatılınca genetiği değişmiş ürünün, genetiği değişmemiş
ürünlere bulaşması -ileriki nesillere de aktarılacağından- önlenemez hale gelmektedir.
Yararlı böcekler yok oluyor. Zararlı böceklere karşı dayanıklı olmalarını sağlamak için bazı bitkilere aktarılan toksin (zehir ) karakterli genler o böcekleri yiyen yaralı böcek türlerinin de yok olmasına neden oluyor.
(Toksin karakterli BT(Bacillus thuringiensis)geni aktarılmış bir bitkiyi yiyen bir böcekle beslenen Uğur böceği (gelin böceği) gibi yararlı böceklerin ölüm oranının arttığı ve gelişmelerinin geciktiği saptandı-Hagedorn 1998)
Bir risk ise toksinin etkin olduğu böcek türleri bu toksine zamanla dayanıklılık kazanıyor olması.(ABD de bt genli pamuk ekili alanlarının bir kısmında, pamuk koza kurdunun etkili olarak kontrol edilemediği gözlendi-Alam 1999)
Yabacı otlara dayanıklı genlerin aktarıldığı bitkilerin diğer canlılar ( uğur böceği) üzerinde öldürücü etki yaptığı gözlendi ( Steinbrecher,1996)
Böceklere ve yabancı otlara dayanıklılık geni aktarılmış bitkiler, zamanla o böcekler ve yabancı otlarda dayanımı arttırdığı için çok daha fazla tarım ilacı kullanılmasına yol açabiliyor. Yabani otlara karşı dayanıklılık geni aktarılmış bir bitkinin değiştirilmiş genleri rüzgar, kuş, böcek,arı vs. gibi etkenlerle başka bitkilere bulaşıyor ve bu geni almış yabancı otlar savaşılması güç bir şekilde çoğalıyorlar.
Ayrıca yabani ot ilacına dayanıklı genler aktarılmış bir ürünün yetiştiği tarlaya ertesi yıl farklı bir ürün ekildiğinde, tarlada kalan geçen yılın GDO lu ürünü yeni ürün için yabancı ottur. Ancak eski GDO lu yabani otlara dayanıklı olduğundan çiftçi için büyük sorun yaratıyor ve yeni ürüne şans tanımıyor, onunla mücadele etmek imkansızlaşıyor.
(Yabancı otlara doğru gen kaçışı nın kolza ve pancarda belirginleşmesi Fransa Tarımsal Araştırmalar Ulusal Enstitüsü’nün (INRA) yabani otlara dayanıklı tüm kolza varyetelerini stoktan çıkarmasına neden oldu.)