Erkeklerde iYE daha az sıklıkla görülmektedir. Erkeklerde görülen idrar yolu enfeksiyonu sıklıkla obstrüksiyona (böbrek taşı ile oluşan tıkanmaya yada prostat büyümesine) veya idrar sondası yerleştirilmesine bağlı olarak gelişir. Erkeklerde idrar yolu enfeksiyonu geliştiğinde öncelikle enfeksiyonunun hangi organda olduğu ve hangi antibiyotiğin etkin olduğu belirlenmelidir. Sıklıkla doktorlar prostatın enfekte olmasını önlemek amacıyla kadınlardan daha uzun süre antibiyotik kullanılmasını önermektedir.
Prostat iltihabı (kronik bakteriyel prostatit) olan kişilerde tedavi daha zordur. Çünkü bu kişilerde antibiyotiklerin iltihablı prostat dokusuna etki etmeleri güçtür. Bu nedenle bu tür hastalara iyi seçilmiş antibiyotikler ile uzun dönem tedavi önerilmektedir. Yaşlı erkek hastalarda oluşan idrar yolu enfeksiyonları genellikle akut bakteriyel prostatit ile ilişkili olup hızlı bir şekilde tedavi edilmediği takdirde çok ciddi sonuçlar doğurabilmektedir.