Ağızdan uzun süre Carnitene® verilmesi esnasında bulantı, kusma, ishal, abdominal kramp gibi hafif geçici mide-barsak şikayetleri ve yüksek doz verilenlerde vücut kokusu (balık) bildirilmiştir. Bu şikayetler genellikle ilacın bölünerek yemek esnasında veya yemekten sonra alınması ve/veya dozun azaltılması ile hafifleyebilir veya ortadan kalkabilir.
Gerek oral gerekse intravenöz levokarnitin alan (daha önce nöbet hikayesi olan veya olmayan) hastalarda nöbet ortaya çıkabileceği, daha önce mevcut nöbet hikayesi olanlarda, nöbet sıklık ve şiddetinde artma görülebileceği rapor edilmiştir.